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Old engine for Continuous Time Bayesian Networks. Superseded by reCTBN. 🐍 https://github.com/madlabunimib/PyCTBN
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PyCTBN/main_package/classes/dynamic_graph.py

115 lines
4.4 KiB

import numpy as np
import sample_path as sp
import networkx as nx
import node
class NetworkGraph():
"""
Rappresenta un grafo dinamico con la seguente struttura:
{Key: {Arcs:{node_object: #in_arcs.....}, Time:t, Node:node_object}.....}
Key = lo state_id del nodo
Arcs = la lista di adiacenza del nodo identificato dalla stringa state_id, contenente oggetti di tipo Node
Time = lo state residence time del nodo identificato dalla stringa state_id
Node = L'oggetto Node con lo stesso state_id pari a Key e node_id opportunamento inizalizzato
:sample_path: le traiettorie/a da cui costruire il grafo
:graph: la struttura dinamica che definisce il grafo
:states_number: il numero di nodi contenuti nel grafo graph
"""
def __init__(self, sample_path):
self.sample_path = sample_path
self.graph = {}
def initialize_graph(self, trajectory):
"""
Data la traiettoria trajectory inizializza le chiavi del dizionario graph e crea le opportune sottostrutture interne.
"""
for(node_id,state) in enumerate(trajectory.get_states()):
n = node.Node(state, node_id)
self.graph[state] = {"Arcs":{}, "Time":0.0, "Node":n}
self.states_number += 1
def build_graph_from_first_traj(self, trajectory):
self.initialize_graph(trajectory)
matrix_traj = trajectory.get_trajectory_as_matrix()
for indx in range(len(matrix_traj) - 1):
self.add_transaction(matrix_traj, indx)
def add_transaction(self, matrix_traj, indx):
"""
Aggiunge la transizione dal nodo current_state al nodo next_state e aggiorna lo state residence time del nodo
con chiave current_state.
Parameters:
matrix_traj: la traiettoria con cui si sta costruendo il grafo graph
indx: la posizione nella visita
Returns:
void
"""
current_state = matrix_traj[indx][1]
next_state = matrix_traj[indx + 1][1]
self.graph[current_state]["Time"] += matrix_traj[indx + 1][0] - matrix_traj[indx][0]
next_node = self.graph[next_state]["Node"] #Punta all'oggeto Node con node_id precedentemente settato
if next_node not in self.graph[current_state]["Arcs"].keys(): #Se non hai ancora incontrato next_node inizializza il numero di archi entranti
self.graph[current_state]["Arcs"][next_node] = 1
else:
self.graph[current_state]["Arcs"][next_node] += 1
def append_new_trajectory(self, trajectory):
"""
Aggiunge i risultati di una nuova esplorazione trajectory al grafo graph.
Parameters:
trajectory: la traiettoria da aggiungere
Returns:
void
"""
matrix_traj = trajectory.get_trajectory_as_matrix()
current_state = matrix_traj[0][1] #Aggiungi se necessario i primi due stati
next_state = matrix_traj[1][1]
self.add_node_if_not_present(current_state)
self.add_node_if_not_present(next_state)
self.add_transaction(matrix_traj, 0)
for indx in range(1, (len(matrix_traj) - 1)):
current_state = matrix_traj[indx][1]
next_state = matrix_traj[indx + 1][1]
self.add_node_if_not_present(next_state)
self.add_transaction(matrix_traj, indx)
def add_node_if_not_present(self, current_state):
if current_state not in self.graph.keys(): #Se non hai ancora incontrato il lo state current_state
current_node = node.Node(current_state, self.states_number) #Crea il l'oggetto con opportuno node_id
self.graph[current_state] = {"Arcs":{}, "Time":0.0, "Node":current_node} #Aggiungilo al dizionario graph
self.states_number += 1
def build_graph(self):
for indx, trajectory in enumerate(self.sample_path.trajectories):
if indx == 0:
self.build_graph_from_first_traj(trajectory)
else:
self.append_new_trajectory(trajectory)
def get_root_node(self):
return self.graph[list(self.graph)[0]]["Node"]
def get_neighbours(self, node):
return self.graph[node.state_id]["Arcs"]
######Veloci Tests#######
#s1 = sp.SamplePath()
#s1.build_trajectories()
#print(s1.get_number_trajectories())
#g1 = DynamicGraph(s1)
#g1.build_graph()
#print(g1.graph)
#print(g1.states_number)